北京市地质调查研究院是首都地区专门承担“基础性、公益性和战略性”地质调查任务的专业队伍，是在国家地质勘查队伍属地化及开展新一轮国土资源大调查的背景下，于1999年10月筹备组建。2003年9月，根据京编办[2003]24号文的精神，与北京市地质调查所合并组成新的北京市地质调查研究院，是隶属北京市地质矿产勘查开发局的全额拨款事业单位。