国务院台湾事务办公室是根据1988年9月9日第21次常务会议决定成立的国务院主管台湾事务的办事机构。 1991年3月国务院机构改革决定，国务院台湾事务办公室与中共中央台湾工作办公室一个机构两块牌子，列入中共中央直属机构序列。该办公室遵循党中央和国务院制定的方针、政策，负责管理、指导、协调国务院有关部门和省、市、自治区人民政府在经济、科技、教育文化等方面涉台事务；对各部门、各地区贯彻执行中央、国务院方针、政策的情况进行督促检查，组织制定涉台事务的有关政策和规定。