自从日本开发及发表了只有女性才能操纵的飞行超兵器“IS<Infinite Stratos>”以来，这个世界便变成了由女性主导的世界了。而以培育来自世界各地IS操纵候补生的女子学校“IS学园”，却出现了能够启动IS的男主角织斑一夏。在这个万绿丛中一点红的环境，一夏不但要面对青梅竹马的剑道少女箒，以及来自各国各式各样的美少女，面对着突然侵袭的敌人、IS隐藏的秘密，织斑一夏和少女们的恋爱故事正在发展下去。