南溪河发源于蒙自县东部的鸣鹫镇，上游称北溪河，在经过芷村镇的庄寨水库后叫南溪河，属红河水系，是红河的二级支流。流域面积包括红河哈尼族彝族自治州东南部和文山壮族苗族自治州西南部的约60平方公里。从芷村镇开始，南溪河就一直和昆河铁路相依相伴，最终在河口瑶族自治县汇入红河，支流有那么果河等20余条。