南庄乡以乡治所在地，也是全乡最大聚落的南庄而命名。南庄聚落古名南庄，系因位于较早开发的田尾庄（今田美村）之南而得名，日治时期始改名南庄，二战后改为南庄乡；有别于其他乡镇，二战后日本行政区中的「街」改为镇，「庄」则改为乡；例如头份街改为头份镇，公馆庄改为公馆乡；但由于南庄仅二字，因此仅短暂改为南乡，不久旋即保留庄字，成为南庄乡。