单拷贝序列在单倍体基因组中只出现一次，因而复性速度很慢。单拷贝序列在基因组中占50-80%，如人基因组中，大约有60-65%的序列属于这一类。单拷贝序列中储存了巨大的遗传信息，编码各种不同功能的蛋白质。不同生物基因组中单一序列（单拷贝）和重复序列的比例差异很大。