北京大学医学图书馆始建于1922年，现馆于1989年建成并投入使用。自1993年起，图书馆各项工作全面实行计算机自动化管理。图书馆现设有馆长室、办公室、采访编目部、自动化部、图书流通部、期刊流通部及信息咨询部。