北京市第六医院有2个院区，分别位于北京市东城区交道口北二条36号、东城区东直门内大街184号，总占地面积为17535平方米，建筑面积为35568平方米，始建于1885年，是一所集临床、科研、教学、预防、公共卫生为一体的二级甲等综合性医院。