北京水利学会的前身是中国水利学会北京分会。中国水利学会北京分会成立于1957年4月，直属中国水利学会领导。1961年改由北京市科学技术协会领导，改名北京市水利学会。1966年后“文化大革命”期间，学会被迫停止活动。1978年6月北京市水利学会恢复活动，并改名为北京水利学会，挂靠单位是北京市水利局。