学报《北京大学学报》共有三个分版，即《自然科学版》、《人文科学》（后改为哲学社会科学版）和《医学版》，历史悠久，其中，自然科学版创建于1955年12月，哲学社会科学版创刊于1955年，医学版创刊于是1959年，在国内外均有重大影响力。