北五岔镇处于新疆维吾尔自治区玛纳斯河冲积平原北部，海拔在366~407.2米之间，坡降约0.1%。地势较为平坦，土层较厚，地下水位较高，镇区地下水位在0.5~3米之间，土壤盐碱严重，干旱缺水属半荒漠带。