分子生态学是生态学的一个领域，利用分子生物学方法研究生态学的一门交叉科学。比如研究某些基因在环境中的存在和分布。分子生态学是近年来兴起的一门前沿学科，是分子生物学与生态学这两个20世纪带头学科交叉融合的产物，它将对生态学、分子生物学以及生态适应与进化的研究产生重大影响。