农业生态工程是应用农业生态系统中物种共生与物质再生产的原理，多种成份相互协调和促进的功能原理，以及物质和能量多层次、多途径利用和转化的原理，采用系统工程的最优化方法而设计的分层次多级别物质的农业生态系统。