根据《自治区党委、自治区人民政府关于地（州、市）、县（市、区）党政机构改革的实施意见》（新党发[2002]4号）精神，设置伊犁哈萨克自治州工商行政管理局。伊犁哈萨克自治州工商行政管理局为自治区工商行政管理直属机构，负责本行政区域内的市场监督管理和有关行政执法工作，领导所属县（市）的工商行政管理工作。