亚玛雷克沙漠位于阿拉善盟高原东北部，地势东高西低。东西长约300公里，其中流动沙丘约占80%，固定、半固定沙丘占20%。准噶尔盆地属温带干旱荒漠。气流从准噶尔盆地西部的缺口涌入。使古尔班通古特沙漠较为湿润，冬季有积雪。降水春季和初夏略多，年中分配较均匀。