云南红塔足球俱乐部的前身为1996年成立的深圳金鹏，当年即冲入甲B联赛。1997年赛季结束后，球队被收购迁移，改名为云南红塔，成为云南省第一支职业足球俱乐部，1998年继续参加甲B联赛，2000年开始参加甲A联赛。2003年「末代甲A」，球队取得第七名的不错成绩。但是年底，俱乐部的中超资格却被转卖给刚刚降级的重庆力帆足球俱乐部。