主辅助厂房内设置与核电厂运行必需的与安全无关的辅助系统，同时设置有部分维修区域。是钢筋混凝土结构，基础与厂房的筏基础是分离的，放射性设备周围设置屏蔽结构以及有系统的隔离，并提供充分的生物隔离。反应堆厂房，主辅助厂房和燃料厂房都应设在同一基岩层上，防止因厂房承载或地震所产生的沉降差异而造成管线断裂。