个体系统发生，是指个体发生和系统发生遵循从非特异性免疫到特异性免疫的规律。机体出生后即出现固有免疫，适应性免疫须待出生后接触抗原才能产生。免疫系统的进化中，最早出现的也是非特异性免疫，而淋巴细胞启动的适应性免疫，属免疫系统进化的高级形式。