上游引物是DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH，也就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁就是上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。