2011年10月，枣庄三十九中根据学生成绩好坏，为学校部分班级的学生分别发放红黄绿三种颜色的作业本。有家长认为，学校这样做，容易伤害成绩差的学生的自尊心。校方称这是分层次作业，是为帮助学生缩小差距。2011年11月1日，枣庄39中各年级已发的三色作业本被学校全部收回。